معاونت پژوهش، فناوری و انتقال یافته های موسسه تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال ماموریت برنامه ریزی، هدایت و نظارت بر اجرای طرح های پژوهشی در زمینه های بذر و نهال و انتشار و به کاربرد رساندن و تجاری سازی یافته ها و فناوری های حاصل از آن ها را بر عهده دارد. در ذیل این امور فعالیت های مربوط همکاری های پژوهشی مشترک با محققین خارج از موسسه که علاقمند به مطالعه در زمینه های بذر و نهال می باشند و نیز دانشجویان علاقمند به علوم و تکنولوژی بذر را هماهنگ می سازد.تدوین گردآوری و نشر کتاب ها و مستندات علمی و فنی بذر و نهال و تدوین برنامه های فنی و اجرایی موسسه، شاخص های عملکردی نیز توسط این معاونت پیگیری می شود. محققین و اعضاء هیات علمی موسسه می توانند برنامه های خود برای همکاری و هماهنگی با سایر موسسات تحقیقاتی و دانشگاه ها و نیز فرایندهای ترفیع و ارتقاء خود را از طریق این معاونت پیگیری نمایند.
علاوه بر فعالیت های پژوهشی یاد شده، مطالعات فناورانه و مطالعات و خدمات سلامت بذر و نهال نیز در دو بخش تحقیقات فناوری بذر و تحقیقات فناوری نهال و آزمایشگاه ها و کارگاه های این مجموعه ها انجام می شود. اطلاعات بیشتر در لینک های مرتبط و یا از طریق تماس با همکاران این معاونت قابل دستیابی است.